Die romantische Walcker-Orgel der Bornheimer Johanniskirche wurde 1874 gebaut und bestand ursprünglich aus zwei Manualen mit 24 Registern. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde sie als erste Konzertorgel Frankfurts wiederhergestellt und hierbei auf drei Manuale mit 30 Registern erweitert. Für die "Freunde der Kirchenmusik" (heute der Kirchenmusikverein Frankfurt) war dies ein wesentlicher Beweggrund ab 1950 geistliche Abendmusiken in der Johanniskirche zu veranstalten, welche die Johanniskantorei übrigens häufig mitgestaltete.

Nach dem Krieg konnte die Orgel nur mit minderwertigem Material repariert werden. Die damals prognostizierte Funktionsfähigkeit der Orgel für 25 - 30 Jahre wurde mit mehr als 60 Jahren deutlich übertroffen. Doch zum Ende des 20. Jahrhunderts verschlechterte sich der Zustand der Orgel zunehmend. Da sie nicht mehr sanierungsfähig war, beauftragte die Evangelische Kirchengemeinde Frankfurt - Bornheim die Berliner Firma Schuke im Sommer 2007 mit dem Einbau einer neuen zweimanualigen Orgel in den unter Denkmalschutz stehenden alten Orgelprospekt. Am 7. Januar 2008 wurde die Walcker-Orgel abgebaut.